印光法师在《药师经》重刻跋文中言：“本经乃我释迦世尊愍念此界一切罪苦众生，为说药师如来因中果上利生之事，实为究竟离苦得乐之无上妙法也。”明末清初的玉琳国师亦常诵此经，念诵药师佛名号，以此作为统摄禅、教、律、净等宗派的总持法门。可见此经之重要。